太子太师就是皇太子的老师，林毅不可能放下兵马到京师，给崇祯皇帝的儿子当老师，教他习文练武，教他为人处事，教他怎样当太子，显然这是一个虚衔儿。
因为圣旨上写的非常明白，林毅虽然被加封为太子太师，但是仍然是总兵，总兵就是带兵打仗，这是他的本职工作，而不是去京师交什么太子，就是崇祯皇帝让他去，他也不愿意干这样的活儿，因此这至多是应一个虚名而已。
崇祯皇帝之所以下这一道旨意，显然是为了抬举林毅，为了证明皇恩浩荡。
虽然是个虚衔儿，但是能给皇上的儿子当一回老师，尽管是名义上的，也是一种无上的荣宠，太子太师位居三公（三孤）之列，位极人臣，其尊贵规程度自不必说。
因此林毅非常高兴，接旨之后，司礼监秉笔王承恩，阁部大人杨嗣昌等人立即向林毅表示祝贺，并且口称太师了。
传完旨意之后，王承恩走了。
收拾完了李自成，接下来当然应该收拾张献忠了，杨嗣昌就想让林毅入川作战。
林毅提出要就地休整兵马，眼下也入冬了，四川的张献忠连吃败仗，郑崇俭和丁启睿率领的官军也占上风。天子龙颜大悦他，因此这位杨阁部不也不着急了，准许林毅就地休整兵马。
从这一天开始，李自成的人马就住在南阳城外，开始整顿练兵，又收编了李自成的几百人马。林毅练他的大刀，各营人马开展大练兵。
这不是林毅第一次练兵了，手下的将领轻车熟路，按照林毅的练兵套路，如火如荼的开展。
这一练就是三个月，也就是1640年的整个冬季，到了1641年开春的时候，大明朝的形势发生了重大变化，或者说叫恶化。
首先是张献忠开始逆转了。郑崇俭和丁启睿之所以能够打胜仗，主要依仗两个人，就是左良玉和贺人龙。但是这两个人的人品实在不怎么样，都是利欲熏心，无利不起早的人。
同样是剿匪的功臣，他们看到林毅一路升官发财，而他们只得到崇祯的一个口头升赏承诺，此前杨嗣昌和郑崇俭答应给他们的什么平贼大大统领的职衔也落空了。
因此这两个人心怀不满，开始不好好干了。左良玉圆滑，贺人龙嚣张，他们的不满被张献忠的探子的发觉并告诉了张献忠。
张献忠很会用兵，立即就感觉到属于他的春天来了。
他跟李自成不愧是齐名的绝代枭雄，二人不但同岁，而且是同乡，战斗经历也大致相同，现在连用兵方法也大体相同了。
李自成能想到的招数，张献忠自然也能想到，他立马就用李自成用过这一招来对付左良玉与贺人龙，那就是用金银贿赂使用反间计，这一招在南阳城外，李自成就对林毅用过。
但是李自成失败了，张献忠却胜利了，因为左良玉和贺人龙毕竟不是林毅。
结果左良玉与贺人龙，开始对郑崇俭阳奉阴违了，杨嗣昌的命令更是不听，这就相当于对抗朝廷。但他们也不是大张旗鼓的对抗，那就是造反了，而是按兵不动，怀私观望，找各种理由搪塞。
这一下让张献忠反过手来了，首先是四川巡抚邵婕春兵败，累及忠贞侯秦良玉也吃了败仗，神弩将张令战死，官军一败涂地，被张献忠牵着鼻子在大山中跑。
此时郑崇俭也有些粗心大意，认为这张献忠覆亡是个时间问题，没想到他又崛起了，一看赶紧调集兵力围追堵截，但是左良玉和贺人龙不给他卖力了。
因此官军连吃败仗，张献忠节节胜利。一下子就打破了官军的封锁，到了1641年正月，这位八大王又杀出四川，跑到湖北折腾去了，而且得到了在湖广折腾的老回回革左五营的支援，后来马守应等人干脆投降了张献忠，几大股巨匪合在了一块，声势浩大，势如破竹，兵锋直指鄂中，连克当阳、襄阳、樊城、郧阳等湖北重镇，威胁到了随州。
大明朝野再次震动，四川湖北一带的地方官告急的文书，像雪片一样飞到了京师。
这时官外的辽东战场也传来了失利的消息，清军两路大军猛攻锦州，锦州城外的松山塔山和杏山，相继失陷。然后宁远城也收到了攻击，锦州被困，宁远告急。
然后朝中的言官御史开始相互弹劾攻击，主要是东林党人，太监们也不甘寂寞，以提督东厂的大太监曹化淳为首，与东林党人，纵横捭阖，吵闹得朝野上下乌烟瘴气，但是就是没有干实事的。
崇祯皇上气得把龙书案拍得啪啪山响，对高起潜和洪承畴，严旨切责，两个人也害怕了，纠集了八镇总兵，一共13万大军开到了宁锦一带，与皇太极决一死战，以解锦州和宁远之危。